第二十一代：孔羡
孔羡，字子余，孔子第二十一代嫡孙。孔羡是百石卒史孔讃之子，因孔完无子，便以其弟孔讃之子孔羡承嫡继嗣，主鬯祀事。孔继汾《阙里文献考》云：「二十一代羡，字子余。父讃，字符宾，守庙百石卒史。子余魏文帝时拜议郎，黄初二年春正月诏曰：……其以议郎孔羡为宗圣侯，邑百户，奉孔子祀。」
三国之时，最为推尊儒术者非曹魏莫属。根据《魏书·武帝纪》所载，早在汉献帝建安八年（203）已经极具势力的曹操就曾经「令郡国各修文学，县满五百户置校官，选其乡之俊造而教学之。」而《文帝纪》又载，曹丕更是在即位之前就常常「集诸儒于肃城门内，讲论大义，侃侃无倦。常嘉汉文帝之为君，宽仁玄默，务欲以德化民，有贤圣之风。」到了魏明帝曹叡时，更是在太和二年（228）直接下诏说：「尊儒贵学，王教之本也。自顷儒官或非其人，将何以宣明圣道？」（《魏书·明帝纪》）曹丕在黄初五年设立太学，制定五经课试之法。齐王芳时期，凡每通一经，都派太常去辟雍祭祀孔子，后世并因之以为制度。这也更是孔子成为国子学主祀者的最早记载。在这种情况下，曹魏改封孔子嫡裔宗圣侯、修葺阙里孔子庙自在情理之中。曲阜孔庙有一方著名的《孔羡碑》，又称《魏鲁孔子庙碑》、《孔羡修孔庙碑》，此碑立于魏黄初元年（220），内容记述的正是孔羡被封的诏书和曹魏修缮孔庙的颂词。
孔羡卒后葬于祖墓之南。子一，孔震。
第二十二代：孔震
孔震，字伯起。孔子第二十二代嫡孙。《东家杂记》说：「二十二代震，晋武时封奉圣亭侯，拜黄门侍郎。」《阙里文献考》：「二十二代震，字伯起。袭封宗圣侯。晋武帝泰始三年冬十二月改封奉圣亭侯，拜太常卿、黄门侍郎，食邑二百户，年七十五卒。」
《晋书·礼志上》也记载说：「武帝泰始三年十一月，改封宗圣侯孔震为奉圣亭侯。又诏太学及鲁国四时备三牲以祀孔子。」司马氏代魏，统一全国，继续了曹魏尊崇儒学的政策。西晋是历史上第一个在国子学建立孔子庙的王朝，孔震的被改封正发生在西晋开国之君晋武帝司马炎泰始三年（267），当时还一并诏令国子学和鲁郡都要四时祭祀孔子，并命举行乡饮酒礼和乡射礼。
孔震一子，孔嶷。
第二十三代：孔嶷
孔嶷，字成功，孔子第二十三代嫡孙。于东晋明帝太宁三年（325）袭封奉圣亭侯，五十七岁卒，葬于祖墓之北。
早在西晋最后一个帝王愍帝司马邺建兴元年（313），后赵明帝、羯人石勒就已经攻占曲阜。孔震、孔嶷父子时期正值晋室播迁之时，随着衣冠南渡，避地江左，时局的动荡不但造成了生民的流离失所，更造成了封爵世系与正史记载的抵啎不同。自二十三代孔嶷开始，孔氏宗子代序失守，在正史与孔氏志书中的记载多有混乱。有见于孔氏志书、谱牒者，但正史不载；有正史见存、言之甚确但谱牒却无录者。孔嶷其人不见于正史，但《东家杂记》、《祖庭广记》、《阙里志》和《阙里文献考》、《孔子世家谱》却均详载其名。
孔嶷一子，孔抚。
第二十四、二十五、二十六代：孔抚、孔懿、孔鲜
孔抚，孔子第二十四代嫡孙。《孔氏祖庭广记·世次》载：「二十四代抚，晋举孝廉，辟太尉掾，袭封奉圣（亭）侯，为豫章太守。食实封一千户。生嶷。」
孔懿，孔子第二十五代嫡孙。《孔氏祖庭广记》：「二十五代懿，东晋袭封奉圣（亭）侯，又从事中郎。食邑一千户。年六十一，葬祖墓西。生鲜。」
孔鲜，孔子第二十六代嫡孙。《孔氏祖庭广记》：「二十六代鲜，恢廓有大度，好学善诱诲。宋文帝元嘉十九年袭封奉圣（亭）侯，又改封崇圣侯。生乘。」
早于《祖庭广记》的《东家杂记》，和晚于此书的《阙里志》、《阙里文献考》，以及乾隆《曲阜县志》、《孔子世家谱》所记孔抚、孔懿、孔鲜祖孙三人，基本同于《祖庭广记》之说。但正史却不见其名。
正史中记载的第二十三代至二十六代则分别是孔亭、孔靖之、孔继之、孔隐之、孔惠云、孔萘等人。孔亭，孔氏谱牒、志书均无载，《晋书·礼志上》却记载道：「明帝太宁三年，诏给奉圣亭侯孔亭，四时祠孔子祭直，如泰始故事。」孔靖之，孔氏谱牒、志书亦无载，《晋书·孝武帝纪》则云：「（太元十一年）秋八月庚午，封孔靖之为奉圣亭侯，奉宣尼祀。」孔继之，孔氏谱牒、志书无载，孔继之是奉圣亭侯孔亭的五世孙，南朝刘宋之时袭封爵奉祀，后被夺爵。《宋书·礼志》载：「（晋）明帝太宁三年，诏给事奉圣亭侯孔亭四时祠孔子，祭宜如泰始故事。亭五代孙继之博塞无度，常以祭直顾进，替慢不祀。宋文帝元嘉八年，有司奏，夺爵。至十九年，又授孔隐之。兄子熙先谋逆，又失爵。二十八年，更以孔惠云为奉圣侯。后有重疾，失爵。孝武大明二年，又以孔迈为奉圣侯。迈卒，子萘嗣，有罪，失爵。」孔隐之，孔子第二十六代孙，东晋广陵太守孔衍的玄孙，居江左。《宋书·文帝纪》载，刘宋元嘉十九年（442）十二月丙辰，文帝诏曰：「胄子始集，学业方兴。自微言泯绝，逝将千祀，感事思人，意有慨然。奉圣之胤，可速议继袭。于先庙地，特为营造，依旧给祠置令，四时飨祀。阙里往经寇乱，黉校残毁，并下鲁郡修复学舍，采召生徒。」刘宋开国皇帝、宋武帝刘裕曾经消灭盘踞山东的鲜卑政权南燕，收复过大片北方故地，此时的曲阜也曾被光复，是以宋文帝刘义隆遂在元嘉十九年诏修阙里孔子庙，同时诏令拨给孔景等五户专司林墓洒扫，孔隐之当在此时奉诏回阙里奉祀林庙，因其正是在这一年袭封奉圣亭侯，而此时避地江南的孔氏族人也应该有同时随孔隐之返回曲阜居住者。自从孔继之在元嘉八年失爵后，直到元嘉十九年才有这道诏令，这已相隔十一年。同时，孔隐之在《孔子世家谱》中载为孔子第十九代孙孔宙之弟孔彪之后，属于旁支，《晋书》又记载孔隐之高祖二十二代孔衍为二十代袭封褒成侯孔完三弟孔文之孙。后来孔隐之又因其侄孔熙先谋反失爵，刘宋再封孔惠云、孔迈、孔萘，但这三人孔氏谱牒、志书也均无载，其世系更不清晰。由此可知，南朝所封当为旁支。
孔亭、孔靖之、孔继之、孔隐之、孔惠云、孔萘等人，均为东晋和刘宋之时袭封，且载之于正史，除了孔隐之谱牒有名外，其他均不见于孔氏谱牒和志书。但孔氏谱牒志书中言之甚详的孔嶷、孔抚、孔懿、孔鲜四人却又不见于正史。孔氏谱牒和志书中的记载近二百年间仅传四代，且均为父死子继；而同样在正史中，从孔继之袭爵至孔乘受封约五十年间，却有六人袭封，这两种情况均遭到后世的质疑。
自从后赵石勒于西晋愍帝建兴元年（313）占领阙里后，曲阜相继于东晋穆帝永和八年（352）被前燕占领，咸安二年（372）前秦灭亡前燕而归于前秦，东晋太元九年（384）曲阜归晋所有，刘宋少帝景平元年（423）后又多为北魏治下。在这种走马灯似的政权变换下，孔氏祖庭的世系记载自然不会井然有序。自从西晋之乱以后，琅琊王司马睿在建康建立东晋，北方大族纷纷南迁，避地江南，东晋和刘宋所赐封的孔氏世爵，也主要来自于此。魏晋南北朝时期，社会动荡，在这三百多年间孔氏自二十二代之后的十一代世系中，见诸谱牒记录的才一百零三人，其中阙里祖庭仅有二十一人，其余的均为江南会稽孔氏。正是由于这种战乱频仍和南北隔绝，孔氏祖庭更不在南朝治下，时局的动荡才导致了孔氏世次的晦暗不明。如东晋明帝太宁三年封孔亭为奉圣亭侯之事，孔氏谱牒、志书均载为孔嶷，所以才又有了孔嶷即孔亭之说。继刘宋之后的齐、梁两代均没有对孔子后裔袭封的记载，但在《梁书·敬帝纪》中有一份诏书颇引人注意：梁敬帝太平二年（557）春正月诏令「泗水余澜，千载犹在。自皇图屯阻，祀荐不修，奉圣之门，胤嗣歼灭，敬神之寝，簠簋寂寥。永言声烈，实兼钦怆。可搜鲁国之族，以为奉圣后，并缮庙堂供备祀典，四时荐秩一皆遵旧。」通过这份诏令可以得知在当时的南朝，孔氏胤嗣也已经失序，这样才「搜鲁国之族」而寻求孔子后。但敬帝萧方智本为梁之末帝，在下发这份诏令的当年，就被陈霸先所取代，而继梁之后的《陈书》则又有了新的失序。
第二十七代：孔乘
西晋之后，当时的北方广大地区落入游牧民族政权之手，相继了建立了很多地方性割据政权，此即史称十六国和北朝。十六国之中，除了前凉、西凉、北燕为汉人政权外，其余均为匈奴、鲜卑、羯、羌、氐人所建。这个时期，孔氏祖庭阙里曾相继被纳入后赵、前燕、前秦、后燕的版图。虽然根据史料的记载来看，此时的后赵、前燕、前秦、后燕先后均曾有过推崇儒学的记载，但却没有对孔子后裔的封爵，这就导致了东晋和南朝正史中的记载和孔氏谱牒、志书的不一。
这种从西晋之乱开始所导致的正史和孔氏谱牒记载的失序状态，至北魏拓跋氏而终。北魏鲜卑族拓跋氏受留居北方的汉人士族所影响，向慕儒术，主动汉化，当时京师有国子学，州郡有太学，并且有的县乡也设立了学校。北魏太武帝拓跋焘于太平真君十一年（450），车驾南伐至邹山，即以太牢祀孔子。献文帝皇兴二年（468）又派遣中书令兼太常高允以太牢之礼祭祀阙里孔子庙。《魏书·高祖纪》记载，孝文帝延兴二年（472）二月乙巳，并颁布了阙里孔庙历史上第一个专门禁止淫祀的诏书。
孔乘，字敬山，孔子第二十七代嫡孙，奉圣亭侯孔鲜之子。孔乘的袭封正是北魏孝文帝之时。孔乘适逢儒学兴盛之时，精研儒学卓有成就，在鲁城是一位博通古今的人，所以谱牒、志书均称其「博学有才艺」。《孔氏祖庭广记》载：「二十七代乘，博学有才艺，后魏举孝廉。文帝延兴三年封崇圣大夫，食邑五百户。」《阙里文献考》也说：「二十七代乘，字敬山，博学有才，元魏孝文帝时举孝廉。延兴三年夏四月诏以乘为崇圣大夫，食邑五百户，给十户以供洒扫。」《魏书·高祖纪》也有相类的记载但其世系有误：「（延兴三年夏四月戊申）诏以孔子二十八世孙鲁郡孔乘为崇圣大夫，给十户以供洒扫。」自羯人石勒在西晋愍帝建兴元年（313）占领阙里后，至北魏文帝延兴三年（473），在长达一百六十余年的时间里，这是孔氏祖庭首次见诸正史明确记载的裔孙承祀之封。但令人费解的是，无论在孔氏志书还是正史中，皆记孔乘封爵为崇圣大夫而非奉圣亭侯，作为仰慕儒学的北魏拓跋氏何以至此，还是由于当时南朝之有奉圣亭侯的原因，诸书无载而不可得知。
孔乘二子：孔灵珍、孔景进。
第二十八代：孔灵珍
孔灵珍，孔子第二十八代嫡孙。孔氏谱牒、志书均记载孔灵珍曾在北魏做过秘书郎，如《孔氏祖庭广记》：「二十八代灵珍，后魏授秘书郎。孝文帝太和十九年增封崇圣侯，食邑一千户。」《阙里文献考》：「二十八代灵珍，仕魏为秘书郎。孝文帝太和十九年夏四月幸鲁亲祠孔子，诏选选诸孔宗子一人封爵世袭奉孔子祀。有司以为莫灵珍宜，乃封崇圣侯，食邑一百户。」《魏书·高祖纪》又载：「（太和十有九年）夏四月庚申，行幸鲁城，亲祠孔子庙。辛酉，诏拜孔氏四人、颜氏二人为官。……又诏选诸孔宗子一人，封崇圣侯，邑一百户，以奉孔子之祀。又诏兖州为孔子起园柏，修饰坟垄，更建碑铭，褒扬圣德。」
北魏孝文帝拓跋宏是历史上一位非常著名的君主，他以「南伐」之名迁都洛阳，全面改革鲜卑旧俗，规定以中原衣冠代替鲜卑旧服，以汉语取代鲜卑胡语，迁洛鲜卑人以洛阳为籍贯，改鲜卑姓为汉姓，自己也改姓「元」。并鼓励鲜卑贵族与中原汉人联姻，又参照南朝典章，修改北魏政治制度，史称孝文帝改革。太和十三年（489）孝文帝诏建京师孔子庙，十六年（792）更孔子谥号，「改谥宣尼曰文圣尼父，告谥孔子庙。」（《魏书·高祖纪》）同年更下诏书规定，祀尧于平阳，祀舜于广宁，祀禹于安邑，祀周公于洛阳，「令当界牧守各随所近，摄行祀事」，但唯独孔子设庙于京师，「当别敕有司」。（《通典·卷五十三》）
到了太和十九年（495），孝文帝更是亲谒阙里祭祀孔子。元宏（孝文帝此时已经改姓为「元」）此行，是继其高祖太武帝拓跋焘太平真君十一年(450)到阙里亲祀孔子之后的第二位北魏君主。元宏率百官驻跸阙里两天，亲祀孔子，封授圣裔，修墓树碑，在经历了近二百年的动荡后，这是自东汉以来圣城曲阜最为隆重的一次盛典。
孔灵珍二子：孔文泰、孔文僖。
第二十九代：孔文泰
孔文泰，孔子第二十九代嫡孙。孔文泰袭封崇圣侯，五十八岁而卒，葬于祖墓之南。《孔氏祖庭广记·世次》亦载：「二十九代文泰，袭封崇圣侯，食邑一千户。年五十八，葬祖墓南。」
孔文泰一子，孔渠。
第三十代：孔渠
孔渠，孔子第三十代嫡孙。《东家杂记·世系》载：「三十代渠，袭封崇圣侯，北齐改封恭圣侯，后周改封邹国公。」《孔氏祖庭广记·世次》也说：「三十代渠，袭封崇圣侯，北齐文宣帝天保元年六月改封恭圣侯，后周宣帝大象二年改封邹国公。」但以精于考据而著名的孔继汾在《阙里文献考·世系》中却仅寥寥数语：「三十代渠，袭封崇圣侯。子一长孙。」
北魏灭亡后，继立的东魏延续了北魏对孔氏世爵崇圣侯的称号，直到北齐高洋才改为恭圣侯。依孔传、孔元措之说，孔渠一人曾获三代敕封，时局的动荡再次从孔氏谱牒志书上得到清晰的印证。北魏永熙三年（534）丞相高欢弄权，魏孝武帝元修在宇文泰的诱惑下逃入关中，元魏遂一分为二，后来东魏、西魏分别又被北齐、北周所取代。北齐、北周则连年攻伐，导致衣冠再次避地江南，谱牒也因之再次失序。而此时的一再改封，应该正历此时。
孔渠一子，孔长孙。
