第三十一代：孔长孙
孔长孙，孔子第三十一代嫡孙。《阙里文献考·世系》：「三十一代长孙，袭封崇圣侯。北齐文宣帝天保元年夏六月辛巳改封恭圣侯，食邑一百户。后周静帝大象二年春三月，诏追封孔子为邹国公，遂诏长孙袭邹国公邑数准旧，语在祀典考。年六十四卒，葬祖墓西。子一嗣悊。」
《北史·齐本纪》也有改封恭圣侯的记载，但承袭之人却记为三十一代「孔长」：「（天保元年）六月辛巳，诏改封崇圣侯孔长为恭圣侯，邑一百户，以奉孔子祀。并下鲁郡，以时修葺庙宇。」而在《宋史·儒林列传》中则记载的是三十代孔渠：「文泰生渠，北齐文宣帝天保元年改封恭圣侯，后周静帝大象二年追封孔子为邹国公，以渠袭爵，邑百户。」而在此时的南朝，《陈书·废帝纪》中则又有了一个“孔英悊”的名字出现：「（光大元年）十二月庚寅，以兼从事中郎孔英悊为奉圣亭侯，奉孔子祀。」
对这一切扑朔迷离的记载，孔继汾在《阙里文献考》辩正说：
考《北史·齐文宣本纪》，「天保元年六月辛巳，诏改封崇圣侯孔长为恭圣侯」，孔长谱内既无其名，其为长孙之误无疑。初袭崇圣改封恭圣进爵邹国公者，乃三十一代之长孙而非三十代之渠也。又，《阙里志》载长孙二子英悊、嗣悊，英悊封奉圣侯，无子，嗣悊袭封。按，长孙既袭封于北，其子断无再受封南封之理。且英悊之封在陈废帝光大元年岁次丁亥，后十四年庚子始为周宣帝大象二年，其父受封乃在其子既袭爵十数年之后，亦事之所必无者。盖英悊自是江左一派，《志》因命名与嗣悊相同，遂讹为长孙之子，其实非也。况家谱及《唐书·宰相世系表》并不言长孙有二子，更为可证。
今按，金代的《孔氏祖庭广记》明言孔长孙一子，名嗣悊。但明代的《阙里志》则说有二子英悊、嗣悊。揆诸史乘诸说，似当以孔继汾所论为允，南朝所封应为旁支。再至北周灭北齐，隋代周而灭陈，天下复归于一统，于大业四年(608年)十月诏封三十二代孔嗣哲为绍圣侯，这种谱牒失序的状态也随之而告终。
北齐高洋本为鲜卑化的汉人，其取代东魏建立北齐之初，也曾留心政务，削减州郡，整顿吏治，训练军队，加强兵防，使北齐在很短的时间内强盛起来。所以在他即位二十余天后即改崇圣侯为恭圣侯，《北史·齐本纪》所载即其故事。另外，北齐还是历史上第一个将孔子庙推广到地方的政权，《隋书·礼志四》载：天保二年（551）诏令「新立学必释奠，礼先圣先师。毎岁春秋二仲，常行其礼。……郡学则于坊内立孔颜庙，博士以下亦每月朝」。当时不但制定了春秋释奠的制度，还规定每月初一日，从太学到地方学校都要拜孔揖颜。传统观点认为，这也正是后世春秋释奠和每月朔望行礼的最早开端。明人李之藻《泮宫礼乐疏》卷一也记载到：「制春秋二仲释奠于先圣先师，乐用轩悬，舞六佾。」「太子每通一经必释奠，以为常。每朔日，祭酒领博士国子生四门博士升堂助教及太学诸生，阶下拜孔揖颜。日出行事。郡学则于坊内立孔颜庙。」高洋在改封恭圣侯的同时，并命令「鲁郡以时修葺庙宇」。北齐废帝干明元年（560），兖州刺史郑述祖曾维修阙里孔子庙，并立碑记其事。北齐天保八年（557）鲜卑人宇文觉取代西魏建立北周，北周武帝宇文邕建德六年（577）又灭亡北齐，统一了北方大部地区，孔氏祖庭阙里随之也成为北周治下。北周静帝宇文阐大象二年（580），仍然手握实权的太上皇周宣帝（此时自称天元皇帝）亲至露门学（北周太学之名）释奠孔子，次日就追赠孔子为邹国公。
《阙里志·宗子世纪》则载三十一代孔长孙有二子：长孔英悊、次孔嗣悊，孔英悊封奉圣侯，早卒无子，孔嗣悊继嗣。《孔子世家谱》所记与《阙里志》同。
第三十二代：孔嗣悊
孔嗣悊，孔子第三十二代孙。孔嗣悊生活的年代在隋唐之际，年七十岁而卒，葬于祖墓之西。
隋文帝杨坚是一位比较开明的帝王，其一平区宇，广兴圣学，今存最早的释奠乐章及释奠雅乐就是隋代所定。同时，《隋书·礼仪四》又记载了当时的规定，国学和郡学都要按时祭祀孔子，「国子寺每岁以四仲月上丁释奠于先圣先师，年别一行乡饮酒礼。州郡学则以春秋仲月释奠，州郡县亦每年于学一行乡饮酒礼。」为表章儒学，隋文帝还亲率百官释奠于国子学，经筵听讲。炀帝杨广在即位当年的闰七月也下诏大力提倡儒学，命令恢复废止的学校，大业四年（608），隋炀帝杨广诏令改封孔子嫡裔为绍圣侯，《隋书·炀帝纪》载其改封诏书。
孔嗣悊一子，孔德伦。
第三十三代：孔德伦
孔德伦，字大经，孔子第三十三代嫡孙。孔德伦于唐高祖武德九年被封为褒圣侯，奉祀孔子林庙。唐太宗贞观十一年（637）又诏令褒圣侯朝会，位同三品，食邑百户。中宗嗣圣七年（即武则天天授元年<690>），又再赐孔德伦敕书及时服。
在经历了两百余年的战乱之后，李唐一朝对儒学的推崇和圣裔的优礼可谓是空前隆厚。根据《旧唐书·儒林列传》的记载，唐高祖李渊「颇好儒臣」，李唐开国之初，唐高祖于武德元年（618）首先恢复学校，「置国子、太学、四门生合三百余员。郡县学亦各置生员」。而唐太宗李世民在继位之前，则「锐意经籍，于秦府开文学馆。……贞观二年，停以周公为先圣，始立孔子庙堂于国学，以宣父为先圣，颜子为先师。大征天下儒士，以为学官。数幸国学，令祭酒、博士讲论。毕，赐以束帛。学生能通一大经已上，咸得署吏。又于国学增筑学舍一千二百间，太学、四门博士亦增置生员，其书算合置博士、学生，以备艺文，凡三千二百六十员。」贞观四年（630），太宗又诏令全国州、县学皆立孔子庙，这是历史上政府诏令全国诸州县皆立孔子庙之始。十一年，拨给兖州民户二十户以供孔子庙祭祀。十四年（640）春二月，太宗亲行国子学释奠，并命国子监祭酒孔颖达讲《孝经》。二十一年（647），再诏以左丘明等二十二人，配享尼父庙堂，此为历史上后世先儒配享孔子之始。与之同时，在祭祀礼仪制度上，还改变了原来以儒官自为祭主的做法，规定国子学以皇帝名义祭祀，州学孔子庙以刺史名义、县学以县令名义祭祀，这就为后来《开元礼》释奠礼仪的确定开启了先声。唐高宗李治于干封元年（666）东封泰山，在回銮返回途中亲谒阙里，诏令追赠孔子为「太师」，又见孔子庙「庙堂卑陋」，令兖州都督、霍王李元轨监督营修之，同时免除孔氏子孙徭役。
唐代更把先师释奠正式列为国家礼典，从此，孔子祭祀制度也随之逐步确立。虽然早在汉灵帝建宁二年（169），「诏祀孔子，依社稷，出王家谷，春秋行礼」，使释奠先圣先师之礼曾一度被列入国家祀典之中，但自魏晋南北朝以来，祭祀先圣、先师之礼实际却并不在国家祀典之列。唐代正式把释奠列入国家祀典层面，一改《周礼》「祀天神、祭地祇、享人鬼」三大祭祀层级，而与之并列为四。根据《旧唐书》和《新唐书》的记载，唐代的国家释奠礼为中祀等级，而州县则为小祀。在古代中国，国家和礼仪制度的现实关系极其重大，「礼」，是古代社会一切政治制度、道德规范、行为准则和社会关系的基础，更是自天子以至庶人的一切行为标准和要求。概言之，「礼」在中国古代社会，其实是作为建构国家政制、社会秩序的整体思想理念和指导人们日常生活的具体行为规范而双重存在的。历代政权虽然兴替变化，但所谓王者功成事定、制礼作乐，其对礼乐教化却是无不尽力提倡和保障之，历代王朝政制正是透过对礼仪的制定，来表达对儒学圣贤之教道德价值的肯定和鼓励，这也正是孔子之所以伟大、中国文化之所以传承有自的原因所在。国家意志的表现，正要借助于国家祀典和国家礼制的制定和推广。享祀者之所以被祭祀，就在于其对国家、人民有勋劳有贡献，但又因为其功有不同，所以各自祭祀礼仪的繁简隆杀也随之不同。孔子明伦理之道教化天下，万世赖之，而作为先师祀典，究其实，正是要表明国家遵循何种道统，这在古代其实有着宪制性的重大意义。
另一方面，大、中、小三等祀典划分之别虽然古已有之，但到唐代才开始正式定型，并逐渐为后世所沿袭。而今天人们所能见到的最早的详细释奠礼仪节，也正是唐《开元礼》所创定。所以孔子第六十九代孙孔继汾也说：「古者，释奠有乐无尸，本礼之简者。释菜则并无乐，又其简者也。释菜仪久绝不传，而释奠之文古亦无考。自唐《开元礼》始有国学郡县释奠之制。」
这一切，身为孔子嫡裔的孔德伦恰逢其时，自会与有荣焉。
孔德伦被封褒圣侯后，曾重新阙里孔子庙，唐高祖武德九年所刊刻的《孔子庙堂碑》记载了此事。民国《孔子世家谱·卷一》又载：「德伦，字大经。唐高祖武德九年改封褒圣侯，太宗贞观十一年诏朝会位同三品，给庙户二十。后因辽海兵变，山东寇乱。太宗曰：『宋，亦尔先人微子所封之地。』诏居中土，袭封于此，是为宁陵阙里。中宗嗣圣七年，赐玺书时服。年七十一卒，葬于宁陵县东北二十五里褚堌村。子二，孔崇基、孔子叹。」
第三十四代：孔崇基
孔崇基，孔子第三十四代嫡孙。根据《东家杂记》和《孔氏祖庭广记》、《阙里文献考》所载，孔崇基于武则天证圣元年（695）袭封褒圣侯，唐中宗神龙元年（705）五月改授朝散大夫，陪祭朝会。五十六岁去世，有一子孔璲之。北宋官修四大史书之一的《册府元龟》也记载说：中宗神龙元年五月制，以邹鲁之邑百户为太师隆道公孔子「宣尼」采邑，收其租税用供荐享，又授裔孙褒圣侯崇基朝散大夫，仍许子孙以相传袭。睿宗太极元年（712）正月制，孔宣公祠庙令本州岛修饰，取侧近三十户以供洒扫。
民国《孔子世家谱》卷一又载：「中宗嗣圣十二年（今按，即武周证圣元年。唐中宗嗣圣年号，实际仅用一月余，后世为尊李唐正朔，故有不用武后年号的习惯。）袭封褒圣侯，神龙元年授朝散大夫。初，武后时封先圣为道隆公（今按，原文如此。）至是，以邹鲁百户为采邑。年五十六卒。葬宁陵父墓东。子一，璲之。」
孔崇基一生经历三朝，先是武则天时期袭爵，中宗神龙元年（705）追谥孔子为文宣，以邹鲁百户为隆道公孔子采邑，以奉岁祀，同时加授褒圣侯孔崇基为朝散大夫，从五品下，子孙世袭，特许参加陪祭和朝会，元正及冬至朝会时位在三品之下。睿宗太极元年（712）将孔子林庙洒扫户增至三十，「诏孔宣父祠庙令本州岛修饰，取侧近三十户以供洒扫。」（《旧唐书·礼仪四》）在李唐推崇儒学、明经取士制度下，给孔氏嫡裔所带来最直接的经历，应该就是孔德伦、崇基父子所得到的荣耀了。
第三十五代：孔璲之
孔璲之，字藏晖，孔子第三十五代嫡孙。《阙里文献考·世系》：「三十五代璲之，字藏晖。玄宗开元五年袭封褒圣侯，授国子四门博士，邠王府文学，蔡州长史。二十七年诏谥孔子曰文宣王，以其嗣为文宣公，任州长史，代代勿绝。于是进封璲之为文宣公兼兖州长史。……寻迁都水使者。天宝之乱，寄居宁陵。卒，遂葬于宁陵，子孙家焉。子一萱。」
孔璲之于唐玄宗开元五年（717）袭封褒圣侯，开元二十七年（739）八月，玄宗诏赠孔子文宣王，孔子由此而进王爵。褒圣侯孔璲之也因此而被改封文宣公，护卫林庙奉孔子祀，同时并允许可以兼任地方官吏，「任州长史，代代勿绝」，孔璲之因之兼任兖州长史。
唐玄宗李隆基是有唐一代最为尊崇孔子的帝王之一。开元十三年（725），玄宗东封泰山，返京途中幸孔子宅，命礼部尚书苏颋以太牢祠孔子，免近孔子墓五户赋役，长供洒扫。并赋《经鲁祭孔子而叹之》诗一首：「夫子何为者？栖栖一代中。地犹邹氏邑，宅即鲁王宫。叹凤嗟身否，伤麟泣道穷。今看两楹奠，当与梦时同。」开元二十年（732）九月，《大唐开元礼》成，诏颁天下。孔子释奠仪定笾豆各八，礼如社稷，并详细规定了国学和州县学的祭祀礼仪和祭品等，自此，后世孔子祀典制度随之确立。二十二年（734）又诏令制定释奠乐章。二十七年（739）玄宗追谥孔子文宣王，令右丞相持节册命祭告孔子，将孔子像改为南面而坐，着王者衮冕，规定国学释奠由原来的国子监官员主祭改为三公主祭，乐用天子等级的宫悬之制。安史之乱后，大唐虽然盛象不在，但尊崇孔子和优待孔裔却有加无已。玄宗在成为太上皇后，其子唐肃宗李亨上元元年（760）因旱灾国家停止所有的中小祀典，但唯独准许中祀等级的孔庙祀典照旧。上元二年，又提高文宣公的地位，令其朝会位居二品之下。
而在此改封之前，孔璲之曾于开元六年（718）倡修孔庙，后来因天宝之乱，迁居宁陵。另据乾隆《曲阜县志·通编》所云「（天宝）十四年冬十二月，平原太守颜真卿起兵讨安禄山」，十五年叛军攻占曲阜，正经此世乱，文宣公孔璲之而避乱宁陵。
但这样则明显与《孔子世家谱》中所载三十三代孔德伦奉唐太宗诏避乱迁居宁陵相抵啎。民国《孔子世家谱·卷一》中对孔璲之的记载是：「三十五代璲之，字藏晖。唐明皇开元五年袭封褒圣侯，授四门博士，邠王府文学，蔡州长史。二十七年进封文宣公，除兖州长史，迁都水使者。食邑一百户。年六十四卒，葬宁陵祖墓南。子一，萱。」
第三十六代：孔萱
孔萱，孔子第三十六代嫡孙。《阙里文献考·世系》：「三十六代萱，袭封文宣公，兼兖州泗水令。子一，齐卿。」《祖庭广记》所记亦同。
《孔子世家谱·卷一》又载：「萱，袭封文宣公兼泗水令，年五十八卒，葬宁陵祖墓东。子一，齐卿。」囿于文献记载匮乏，无从稽考，其生平难征其详。
第三十七代：孔齐卿
孔齐卿，孔子第三十七代嫡孙。《阙里志》、《阙里文献考》、乾隆《曲阜县志》均载：「三十七代齐卿，德宗建中三年，袭封文宣公，兼兖州功曹转青州司兵参军。时遭叛乱，陷于东平。」《孔子世家谱》卷一又载：「唐德宗建中三年，袭封文宣公，除青州司兵参军，迁兖州司马。会淄青节度使李纳叛于东平，公罹难，归葬宁陵。」
安史之乱是李唐王朝的重要转折点和分水岭，经此之变，盛唐气象不复存在，而安史之乱平息后所带来的最大恶果就是历史上著名的藩镇割据，藩镇势力在当时极其强大，各自割据一方，阳奉阴违，意欲与唐廷分庭抗礼。而作为李唐方面，在平息了安史之乱后则自然是要维护帝国的大一统，努力恢复盛唐气象，以图再造盛世。在此局面下，遂有了唐代宗、德宗、宪宗时期中央和藩镇产生的激烈冲突和对峙，孔齐卿之死正是由这种冲突和对峙所导致。
唐德宗建中二年（781）一月，成德节度使李宝臣临终前上遗表，请求让其子行军司马李惟岳领军。李惟岳也遣使上表请求承袭父位，朝廷不允。魏博节度使田悦上章保荐，请赐旄节，朝廷仍不准。李惟岳遂与魏博节度使田悦、平卢淄青节度使李纳、山南东道节度使梁崇义联合起兵反唐。而当时的李宝臣父子占据恒州（今河北正定）、定州（今河北定州）、易州（今河北易县）、赵州（今河北赵县）、深州（今河北深州）、冀州（今河北冀州）六州之地，后来又得到了沧州（今河北沧州），拥有步卒五万，战马五千，在河朔诸镇中势力最强。与田承嗣、李怀仙并称为「河朔三镇」。李宝臣父子依靠这六州之地，聚集军粮，招纳亡命，修缮兵甲，并与薛嵩、田承嗣、李正己、梁崇义等军阀结为姻亲，相互呼应。魏博节度使田承嗣驻地魏州（今河北大名），拥兵十万，本即河朔三镇之一，田悦是田承嗣的侄子。此时的淄青节度使李纳，其父李正己，本高丽人，代宗永泰元年(765)，任命李正己为平卢淄青节度使、海运押新罗渤海两蕃使，淄青节度使兼大唐的海运押新罗渤海两蕃使，负责山东与辽东和朝鲜的口岸贸易、海道运输以及国事往来等事务，其经济实力可见一斑。李正己后来不断扩展地盘，除原先占有的青州、淄州等六州之地外，又先后攻占其他藩镇的登州（今山东蓬莱）、莱州（今山东莱州）、德州（今山东陵县）、棣州（今山东惠民）、曹州（今山东曹县）、濮州（今山东鄄城）、徐州（今江苏徐州）、兖州（今山东兖州）、郓州（今山东东平）等十五个州的地盘。囊括了今天山东大部地区，并占有江苏北部、河北南部部分地区，是当时全国最大的藩镇。《资治通鉴》也记载说：「平卢节度使李正己先有淄、青、齐、海、登、莱、沂、密、德、棣十州之地，及李灵曜之乱，诸道合兵攻之，所得之地，各为己有，正己又得曹、濮、徐、、郓五州，因自青州徙治郓州，使其子前淄州刺史纳守青州。正己用刑严峻，所在不敢偶语；然法令齐一，赋均而轻，拥兵十万，雄据东方，邻藩皆畏之。」山南东道节度使的治所则在襄州，下辖襄州（今湖北襄阳）、邓州、（今河南邓州）房州（今湖北房县）、均州（今湖北丹江口）、复州（今湖北天门）、郢州（今湖北钟祥）等地。
李惟岳、田悦、李纳、梁崇义之叛，史称「四镇之乱」。德宗遣兵平乱，后来李惟岳虽败被诛，但幽州节度使朱滔又联合魏博田悦、淄青李纳和淮西节度使李希烈等再次举兵叛乱，造成了平乱者与作乱者联合的局面。四镇之乱是继安史之乱后唐代历史上的一次著名事件，李唐政权再经此乱，已是江河日下。
而孔齐卿正是四镇之乱的直接受害者，这是孔族历史上的不幸之一。
孔齐卿子三：孔惟晊、孔惟昉、孔惟时。
第三十八代：孔惟晊
孔惟晊，孔子第三十八代嫡孙。孔惟晊初居宁陵，战乱结束后迁回曲阜，留其弟惟时奉守宁陵祖墓。《阙里文献考》载：「三十八代惟晊，初居宁陵，后兵解，归鲁。留幼弟惟时居宁陵守先人墓。宪宗元和十三年袭封文宣公，授兖州参军。年六十五卒，葬祖墓东。」乾隆《曲阜县志》：「元和十三年春正月，孔惟晊袭封文宣公。复置孔子庙洒扫五十户。」
《孔子世家谱》又载：「唐宪宗元和十四年，李纳子师道败诛，东平兵解，留幼弟惟时与贤曾孙惟一守宁陵祖庙墓。归鲁授兖州参军，袭封文宣公。年六十五卒，葬祖墓东。」
孔惟晊一子，孔策。
第三十九代：孔策
孔策，字元勋，孔子第三十九代嫡孙。《阙里文献考·世系》：「三十九代策，明经及第，授曲阜县尉。武宗会昌元年历少府监主簿、国子监丞，迁尚书博士。二年，袭封文宣公。宣宗大中元年宰相白敏中奏，岁给封户绢百疋，春秋充享祀。年五十七卒，葬祖墓西南。」
乾隆《曲阜县志·通编》又载，唐武宗会昌五年（845）赐文宣公孔策一子出身，宣宗大中元年（847）赐文宣公一子官，懿宗咸通四年（863）春正月赐文宣公孔策长子孔振进士第一人（状元）及第，并诏给林庙洒扫五十户。
孔策之时，是李唐王朝在经历战乱兵戈之后天下稍事平静的时期，但此时的大唐帝国早已盛象不再，日薄西山。《孔子世家谱》载「兵戈之后，享祠不给」，所以宣宗大中元年从白敏中所奏，才岁给「百缣充祀事」，从中正可见此时大唐的国力于一斑。但孔策身历三朝和对其子的赐封，也可谓深沐李唐之优礼了。
孔策三子：孔振、孔拯、孔郁。
第四十代：孔振
孔振，字国文，孔子第四十代嫡孙。《阙里文献考·世系》：「四十代振，字国文。懿宗咸通四年进士第第一人及第，除秘书省校书郎，历兖州观察判官、监察御史、左补阙、水部员外郎，袭封文宣公。年七十四卒，葬祖墓北。」孔振在袭封之前就深沐皇恩，被赐进士第一人（状元）及第，并出任一系列的职务。孔振当时出任的职务品秩虽不高，但却以两个职衔颇引入注目：监察御史、左补阙。
监察御史始设于隋，唐制设御史台，为最高监察机构，兼理重难案件。史台下分三院，侍御史主台院，殿中侍御史主殿院，监察御史主察院。其职，《新唐书·百官志三》载: 「监察御史十五人，正八品下。掌分察百僚，巡按州县，狱讼、军戎、祭祀、营作、太府出纳皆莅焉；知朝堂左右厢及百司纲目。」因内外官吏均受其监察，品秩虽低但权限甚广，颇为百官忌惮。左右补阙，武则天时始设，其职为对皇帝进行规谏，并举荐人才。左补阙属门下省，右补阙属中书省。共设六人，秩从七品上。掌供奉讽谏，大事廷议，小则上封事。
孔振在袭封之前即因祖荫而获状元，更历任多职，难怪「天下荣之」了。而在其袭封文宣公后，又有了一次维修孔庙的活动。民国《续修曲阜县志·林庙》记载，唐懿宗咸通七年初（866），以「孔续为曲阜县令，此孔氏为本县令之始。」咸通十年（869），孔子第三十九代孙、进士第出身、天平节度使和郓曹濮观察使、后被封鲁国公的孔温裕上书愿以自己的「私俸葺饰」孔庙祖庭，《孔氏祖庭广记》卷十一、乾隆《曲阜县志》卷二十三均载其故事。咸通十一年，立《新修曲阜县文宣王庙记碑》以记其事。此碑又名《唐鲁国公修庙记及新修文宣王庙碑》，碑额题「新修庙记」，碑文共分三部分：前为「新修曲阜县文宣王庙记」，中为孔温裕「请修兖州曲阜县文宣王庙」奏文，后为中书门下省准奏的牒文。
使供奉祖先的庙貌焕然一新，这对于承嫡奉祀的文宣公孔振自然躬亲其事。但此次修葺，恰值晚唐衰败之时，也是唐代最后一次修葺孔庙。
孔振一子，孔昭俭。
