第五十一代：孔文远、孔元措（1181-1250）、孔元用
孔文远，字绍先，孔子第五十一代嫡孙。孔文远于宋光宗绍熙四年（1193）袭爵，曾官至隆兴府倅（佐二副官，通判），秩满授朝奉郎（正七品）。卒于宋理宗宝庆二年（1226），葬衢州。孔文远一子，孔万春。
孔元措，字梦得。其父孔摠因病去世时，孔元措年仅十岁。次年（1191），金章宗明昌二年（1191）四月，十一岁的孔元措补授文林郎，袭封衍圣公，主林庙祀事。金代初期的衍圣公爵高品低，阶文林郎，秩仅正八品，所以金章宗又特诏衍圣公孔元措中议大夫，正三品上，赐四品阶勋封，且「以后袭封，并准此例」。对于这段故实，《金史·孔璠传》也有记载：「元措字梦得。三年四月诏曰：衍圣公视四品，阶止八品，不称。可超迁中议大夫，永着于令。」
金章宗明昌元年（1190）春三月诏修阙里孔子庙，五月又诏诸郡邑孔子庙隳废者一律修复。孔元措继续了其父孔摠修葺祖庙的志业，奉诏修庙。金帝拨钱七万六千四百多缗，命干臣领其役，大修阙里圣庙，于明昌二年春兴工，至明昌五年（1194）秋告竣。这次修缮，是继宋天禧二年之后，阙里孔庙的再次大规模扩建，后世的庙制形态初步具备。金代从熙宗皇统二年（1142）至章宗明昌五年（1194）的五十余年间，修阙里孔庙凡八次，此时的阙里孔庙基本保持了宋代的格局，但部分建筑规模却进行了扩建，新建大中门、棂星门，且始用琉璃瓦，殿庑均以绿琉璃瓦剪边，青绿彩画，朱漆栏槛，檐柱也改为石质，并雕龙为饰，使阙里庙制大为提高。但可惜的是，这一耗费巨大人力物力的工程，却在不久南下的蒙古兵铁蹄下，庙貌又复残毁，率多化为灰烬。
承安元年（1196）冬十一月，金章宗行郊祀礼，召孔元措赴阙侍祠，位在终献之次。二年（1197）正月，孔元措年满十七岁，诏令衍圣公兼曲阜县令。五年（1200），又给孔元措擢升一阶的奖励。泰和元年（1201）金章宗又拨给衍圣公祭田六十四亩，以供祀事。金宣宗完颜珣贞佑二年（1214）正月红袄军攻占阙里，火烧孔子庙。同年五月蒙古南侵，金帝迁都南京（今河南开封），诏孔元措赴汴京行在。但此时孔元措适逢母丧，遂于贞佑三年七月起复，遥授东平府（今山东东平）通判，诏令以来年春天再行赴任。十月，金帝又听从高琪之议，因曲阜一代时局动荡，为保护圣裔，令孔元措随朝任职，改授为太常博士。孔元措离开曲阜后，林庙奉祀之事暂交由其族兄孔元用代摄。
金宣宗兴定四年（1220）七月，晋孔元措为太常丞。元光元年（1222）十一月，又授同知集贤院兼行太常丞事。金哀宗完颜守绪正大二年（1225）三月，再授知集贤院兼行太常丞。四年，秩满复任。金哀宗天兴元年（1232），改授孔元措泰定军节度使、兖州管内观察使、兼行太常少卿。二年正月，迁光禄大夫，晋太常卿。太常卿，为九卿之一，从二品上，文散官第七阶。元太宗窝阔台五年（1233），蒙古伐金，占领汴京，元太宗命孔元措还东平，仍袭封衍圣公，主奉祀事。逾年，金亡。元太宗十年（1238）十一月，孔元措上书窝阔台请求收录礼乐之旧：「兵兴以来，礼乐散失，燕京、南京等处，亡金太常故臣及礼册乐器多有存者，乞降旨收录。」元帝准其所奏，命各处管民官如有亡金知礼乐旧人，可并其家属徙东平，令孔元措统领，于本路税课所给其食。元太宗十一年（1239）孔元措奉诏赴燕京，得到金帝时候的掌乐许政、掌礼王节、和乐工翟刚等九十二人并带回曲阜，在阙里祖庭演习登歌乐。后来又在东平造乐器、制冠冕法服、钟磬笋虡仪物。礼乐肄习既成后，孔元措于元宪宗二年（1252）带领乐人远赴漠北日月山，奏于元帝蒙哥之前，遂用以祭祀昊天上帝。从此，有元一代才开始有了较为完整而又正规的礼乐制度，是以「元朝一代礼乐，公实始创之。」（《阙里文献考》）
元太宗窝阔台五年（1233）冬十一月，曾敕修孔子庙，九年（1237）诏令衍圣公孔元措再修阙里孔子庙，并给复守庙一百户，但这次维修工程很小，仅仅「复建寝殿，暂寓先圣及十哲像」而已。乃马真后三年（1244），孔元措又主持重修了至圣林思堂，并首立宣圣王、纨裤子弟、三世祖、圣考齐国公等墓碑。
孔元措对孔氏家族的另一大贡献是撰成《孔氏祖庭广记》一书。是书依据孔子第四十六代孙孔宗翰所撰《家谱》和孔子第四十七代孙孔传的《祖庭杂记》合二为一，并纂集增补而来。孔传的《祖庭杂记》之版亡于宋金之乱，孔传遂后来在抚州任上重新编纂了《东家杂记》二卷，《祖庭杂记》的部分内容则实际收录于孔元措《孔氏祖庭广记》之中。《孔氏祖庭广记》卷首为图本，分孔子像、尼山防山鲁国图等，以下各卷分先圣、追崇圣号、世次、崇奉诏文、崇奉杂事、林庙亲祠、学庙亲祠、祭祀杂事、族孙、世系别录等门类，凡林庙内外之古迹、古碑、庙宅等均有涉及，计十二卷二十六门八百四十条，被视为一部重要的孔氏志书。
海迷失后二年（1250）、即宋理宗淳佑十年，孔元措卒，享年七十岁，葬于祖墓之西。因其没有子嗣，以其弟元纮之孙孔浈袭爵。
孔元用，字俊卿。为孔宗愿第三子若愚之后，为衍圣公孔元措之族兄。金宣宗贞佑三年（1215）孔元措被召赴汴京，孔元用受嘱暂摄阙里林庙祀事。兴定四年（1220）蒙古太师木华黎经略山东，曾颁给孔元用衍圣公兼曲阜县印信。元光元年（1222），宋军收复京东西路，曲阜县复归于宋。宋宁宗嘉定十七年（1224）授孔元用通直郎，理宗宝庆元年（1225）孔元用任仙源县令。但旋即蒙古兵又取京东西路，曲阜县又入于蒙古。蒙古太祖二十一年（1226），郡王带孙征李全攻益都（今山东青州），以孔元用有将略，命其带兵随征，孔元用以其子孔之全主祀事兼曲阜县尹。次年（1227），孔元用卒于益都城下，年五十三岁，葬于祖墓西北。子一，孔之全。
第五十二代：孔万春、孔之全
孔万春，字耆年，孔子第五十二代嫡孙。孔万春于宋理宗宝庆二年（1226）五月壬寅，授承奉郎、袭封为衍圣公，专主衢州家庙祀事。宝庆三年（1227）宋理宗又任命孔万春为衢州府通判，但不必至衙署视事，仍以主鬯孔子祀事为其主要职责。孔万春阶至奉议郎，官终泉州府通判兼南外宗正丞，卸任后于淳佑元年（1241）去世于衢州，葬衢州祖茔。至此，孔氏南宗寓居衢州，已相历四十八代孔端友、四十九代孔玠、五十代孔搢、五十一代孔文远、五十二代孔万春五代衍圣公。此时的南宗以衢州为中心，也得到发展壮大，宋廷更启用了诸多孔氏族人。当年随孔端友南渡的族人，除孔端友从父孔传外，还有孔传次子端己、四子端植、五子端隐，孔若愚长子端弼诸多族人。孔传官至中散大夫，端植官封湖广通城令，端隐为江陵府推官，端弼至大理寺评事，端思为杭州府教授。
孔万春一子，孔洙。
孔之全，字工叔，孔元用之子。金贞佑三年（1214）孔元措被召赴汴京随朝任职，曲阜林庙祀事便委托给孔之全之父孔元用代摄，蒙古太祖二十一年（1226）孔元用被征攻益都，孔之全则被封为权袭衍圣公兼曲阜县尹。元太宗五年（1233），窝阔台令孔元措自汴京还东平，仍袭封衍圣公。但如此一来，非但南宗衢州，即便阙里祖庭也出现了两个衍圣公。《元赠中议大夫袭封衍圣公孔公（今按，即孔治）神道碑》记载了孔元措和孔之全同见东平路行军万户严实的故事：「金已前袭封元措来归，同谒武惠严侯。公因让曰：『以贤以长，责在吾叔。』元措乃许曰：『子父子保全林庙，当世其邑。』武惠允之，仍居邑宰二十余年。」孔元措让出曲阜县尹后，此后的衍圣公就不再兼任曲阜县尹，曲阜县一职则一直到明初都在孔之全一系中传袭。孔之全年五十一而卒。子三：孔治、孔澄、孔济。
第五十三代：孔洙（1231-1291）、孔浈、孔治（1237-1307）
孔洙，字景清，孔子第五十三代嫡孙。孔洙在其父孔万春去世后，以宋承奉郎身份袭爵嗣封，奉孔子祀。在任期间，经衢州知州孙子秀所请，正式营建了衢州孔氏家庙。宋理宗宝佑元年（1253），衢州知州孙子秀上书宋廷，建言正式营建衢州家庙。理宗准其所请，拨官钱三十六万缗，仿阙里祖庙之制，于衢州城东北菱湖南岸新建南宗孔庙专祠。宋廷在衢州建南宗家庙后，又对孔氏南宗多次赐祭田、免租税，以优礼圣裔，但此庙毁于宋末战火。孔端友时期，宋高宗在绍兴六年仅是以衢州学庙权作孔氏家庙而已，至此，孔氏南宗方始建家庙。然世事陵夷，南宋祥兴二年（1279）、即元至元十六年二月，陆秀夫负幼帝投海而死，宋祚乃亡，元世祖忽必烈也随之统驭中国。而此时的北宗，则由于孔浈被夺爵，一直处于世爵中断的状态，仅由孔子第五十三世孙、曲阜县尹孔治暂时代摄林庙祀事。至元十七年（1280），详议官王恽向元世祖忽必烈上疏《立袭封衍圣公事状》，忽必烈令议孔氏当立者，经过廷议，认为「以端友之孙孔洙当袭封」，于是至元十九年（1282）十一月，元世祖忽必烈召孔洙赴阙，决定让孔洙「载封归鲁奉祀」。孔洙奉诏北上大都觐见忽必烈，以孔氏南宗历代衍圣公的坟墓均在衢州，难以离弃，且曲阜子孙守护林庙有功于祖，遂主动让出袭封衍圣公世爵。自此，因时局动荡、高宗南渡而迁于衢州的孔氏大宗复归于曲阜。忽必烈对孔洙大加赞赏，遂命其为国子监祭酒、承务郎兼提举浙东学校事。至元二十八年（1291），孔洙去世，葬于衢州。自孔端友扈跸南渡，衍圣公在衢州传承六世，至孔洙去世近一百六十年。
孔氏南宗自五十三代孔洙之后，直至民国改爵为官，其传承为：五十四代思许、五十五代克忠、五十六代希辂、五十七代仪、五十八代公诚、五十九代彦绳（明正德元年六月十一日，受封翰林院五经博士。孔氏南宗由此复爵）、六十代承美、六十一代弘章、六十二代闻音、六十三代贞运、六十四代尚干、六十五代衍祯、六十六代兴燫、六十七代毓垣、六十八代传锦、六十九代继涛、七十代广杓、七十一代昭烜、七十二代宪坤、七十三代庆仪。
南宗失去爵位后，日趋衰微。至明代中期，「三衢家庙，缺官奉祀」，南宗后裔，「猥同氓庶」。衢州知府沈杰以明代尊孔崇儒之精神，拟就《衢州知府沈杰为条陈孔氏家规以彰圣教》及《乞添授衢州孔氏官职及处置祀田疏》，于弘治十八年（1505）上奏孝宗，请求「敕命吏、礼二部详定礼制，合无将衢州孔端友嫡派子孙添授以五经博士一员，以主祭祀，责令洒扫家庙，看守各代圣公坟茔，统领见存子孙。仍乞将本户旧赐田亩照依原税数目，每岁依期上纳本府官仓或儒学仓。按月支给与米二石，以供洒扫祭奠。」同时，乞请减免旧赐祭田赋税，「如此，则家庙不至于堕废，祭田不至于变卖，子孙不至于流移，圣裔不至于湮没。」孝宗准其所奏，但却旋即驾崩，遗敕于后。明武宗继位后，于正德元年（1506），诏授南宗孔子第五十九代孙孔彦绳为翰林院五经博士，子孙世袭，并减免祭田赋税，奉衢州庙祀。自此，中断225年之久的南宗袭封得以恢复。
同时，朝廷再次明确衍圣公为全族宗主，南宗的爵位享受衍圣公次子待遇，与颜、曾、孟三氏翰博相同，官秩正八品，代衍圣公管理衢州族务，且与他氏圣裔翰博一样，均受衍圣公之节制。现存南宗《衢州孔氏家规》也正是明正德初年钦准刊行，共分七条。其《遵制典》条云：「窃恐后世两派子孙互相嫌隙，妄起争端，不惟有违圣朝制度盛典，又恐背忘伊祖德让之风，合无严立规戒，行令在衢子孙永遵制典，恪守祖风、有违者以不忠不孝论，置之重典，永不叙录。」其《责报本》条又规定：「今后其南渡孔氏子孙，每十年一赴阙里，谒拜圣祖家庙，祭扫山林，一展本末水源时思之敬。就令会同南北宗谱，开保历代子孙名讳，居曲阜县者书引于前，居衢州府者书引于后，庶俾流裔清白，不致泮涣分离。」孔氏大宗主衍圣公对衢州翰林博士拥有绝对管辖权，衢州翰林博士必须随时将情况报明衍圣公府。清代对世袭翰林院五经博士再次申明严格规定，翰博之承袭，将应袭者的亲供与里邻、亲族甘结，附上应袭者三代履历由西安县逐级转呈，经衍圣公批示，方可呈请吏部、礼部选任。吏、礼二部批准后，经予文凭，咨文衍圣公府，转发至翰林公署。衢州翰林博士接到文凭后必须在规定期限内到任，延期不得超过一个月，并将到任时间上报衍圣公府，以转报吏、礼二部。民国二年（1913），北洋政府颁布《崇圣典例》，在这份《崇圣典例》里，把圣裔分成「世爵」（衍圣公）和「世职」（翰博）两类：「第一条、衍圣公膺受前代荣典，均仍其旧。其公爵按旧制由宗子世袭，报经地方行政长官呈由内务部核请承袭。……第四条、圣贤后裔旧有五经博士等世职，兹均改为奉祀官，世袭，主祀；其旧设奉祀生裁撤之。奉祀官按旧设额置。」北洋政府在当时保留了衍圣公孔令贻世爵之位，而当时的改衢州世袭五经博士孔庆仪为世职「大成至圣先师南宗奉祀官」。同时，奉祀官的承袭也须由衍圣公咨文「地方行政长官呈明内务部核准」，承袭过程中仍需族长、各支房长及邻右出具甘结，附上应袭者三代履历相关宗图，印花税洋一圆，付衍圣公府掌书厅监印等手续费30圆，一并呈衍圣公府，再由衍圣公府将相关档及印花税交由山东省长转呈内务部。待内务部批准后，发给任命执照，经山东省长交衍圣公府，再札付南宗奉祀官收悉。
孔浈，字昭度。孔元措之弟元纮之孙，父孔之固。孔元措无子，便以族孙孔浈继嗣。孔浈为侧室所出，在其父孔之固去世后，母子二人遭到其嫡母的欺凌和驱逐，其生母被嫡母任氏强迫嫁给蒙古驱口（奴隶）李氏，因以为姓。孔浈的伯祖父孔元措后来获悉此事，就把孔浈寻回，养育为嗣孙。但孔元措此举却引起其女婿李天辅的不满，在元朝添造户籍时，李天辅将孔浈的户口填报在驱口李氏名下，而此事孔元措却并不知情，这就为后来孔浈被罢爵埋下了伏笔。孔浈在孔元措去世后的第二年、即元宪宗元年（1251）袭封衍圣公。孔浈幼失怙持，教育不力，袭爵后喜欢校猎之事，日事鹰犬，更有甚者直接不修祖祀，这就引起了孔氏族人的强烈不满。以孔之全之子孔治为首的族人遂对孔浈进行了指责和攻讦，讼告他不事儒雅，且为驱口贱民李氏之后，并已名列驱口户籍，实非圣人子孙。
事起，查对户籍，果然在册，遂于元宪宗二年（1252）被虢夺封爵。孔浈被夺爵后，终元世祖忽必烈之世、其间又虽经孔洙之让爵，但实际上元政府却并没有另选他人承袭封爵，于是遂造成了孔氏世爵中断四十三年之久，也造成中国历史上一个绝无仅有的时期，就是在这四十三年的时间内，天下儒门无宗。等到这个问题的解决，则要到元成宗元贞元年（1295），才由孔治袭封衍圣公。
孔浈被夺爵后，其嫡母任氏方「悔之」，《阙里志·表章》记载了当时任氏上《辨正孔浈表》，称孔浈「乃五十一代袭封衍圣公孔元措之耳孙，五十二代袭封衍圣公孔之固之冢嗣」，「虽云庶出，实系长房」，冀望对孔浈复爵，但已为时已晚，元宪宗蒙哥的夺爵命令早已发出。后来，孔浈被改任为知潍州（今山东潍坊）。
孔浈乏嗣。
孔治，字世安，孔元用之孙、孔之全之子。金宣宗贞佑时期，孔元措受命赴汴京，嘱元用代守林庙祀事。后来蒙古太祖十三年（1218）任命孔元用为曲阜县尹，二十一年又命孔元用带兵随军攻打益都，以其子孔之全代摄祀事兼曲阜县尹。元太宗五年（1233）蒙古军攻克汴京，命孔元措回曲阜奉祀林庙，孔元措因孔之全父子守护林庙有功，遂将曲阜县尹让与孔之全，从此以后衍圣公不再兼任此职。
孔治于元宪宗二年（1252）充任曲阜管民长官，是年十二月，衍圣公孔浈被诏夺爵。元世祖中统元年（1260）三月，忽必烈即汗位，夏五月仍命孔治袭世职曲阜县尹，并权摄祀事。孔治在权奉庙祀期间，元政府已罢免了阙里林庙洒扫户，祭祀也无公帑，每逢祀期，孔治则自出财力以备祭祀，「凡朝廷大祭，维丰维洁，咸备于己。」至元四年（1267），孔治「不忍庙貌残缺」，「权祀之职，匪事功何以塞继述之责」，遂上奏请求修庙，元世祖拨白金五十两，敕令修阙里孔子庙，同时并定首领官朔望谒孔子庙之礼。但此次修缮，仅创环廊，易木柱为石柱，重修庙墙、杏坛、斋厅、学校等，「即其旧而新之，礼殿则未遑也」。（元阎复《重建至圣文宣王庙碑》）
孔治在任期间勤于政务，颇具官声，《阙里文献考》载其「宰曲阜二十余年，内抚百姓，外给军旅，才干着闻」。元宪宗至元八年（1271），定国号大元，十三年（1276）授孔治承事郎。二十二年（1285），授孔治奉训大夫，升单州（今山东曹县东）防御使，并令其子思诚就任世袭曲阜县尹。孔治赴任单州防御史行前诫其子曰：「毋妄怒，轻笞人。邑长者见如父兄，幼者抚若子弟。毋负乃父训。」到任后兴建学校，延聘名师，以成士风。至元二十防御史九年（1292），迁为奉直大夫，知密州（今山东诸城），又首创儒学三皇庙，「正彝伦，明礼法，建医学，济斯民，扶仁寿」。
据孔治神道碑碑文记载，元成宗元贞元年（1295），孔治赴阙朝贺铁穆耳即位，「元贞改元，公见成宗皇帝于上都，时大臣奏：『至圣文宣王孔夫子之嫡孙，其祖元用以军功没于王事，实开国立功之臣。治权奉祀事三十余年，有德有文，可袭封爵。』上可其奏，仍赐坐，慰劳甚厚，特授中议大夫、衍圣公。」元成宗并应孔治之请，赐庙田五十顷，复给林庙洒扫户，重修阙里孔庙。至此，中断了四十三年之久的孔氏世爵衍圣公终于恢复。孔治《神道碑》记载，受封后孔治感荷祖荫，「作堂私第，名以诗礼，亦不忘过庭之教。」
元成宗大德四年（1300），给衍圣公孔治随朝四品官俸。大德十一年（1307）十一月九日，孔治去世，享年七十一岁，葬于祖墓之西。子一孔思诚，袭封衍圣公，后罢爵。
第五十四代：孔思诚、孔思晦（1267-1333）
孔思诚，字致道。孔治之子。元世祖至元二十二年（1285），孔治出任单州防御使，孔思诚接替其父就任曲阜县尹。元成宗大德五年（1301）升任国子监丞，大德十一年（1307）孔治去世，孔思诚袭封衍圣公。
孔思诚袭封之际，正值元成宗铁穆耳驾崩、元武宗海山即位之时。大德十一年春正月，元成宗铁穆耳崩，海山即位后即于大德十一年秋七月辛巳，加封至圣文宣王为「大成至圣文宣王」。有元诸帝，武宗海山虽然在位仅四年，但其尊儒崇道则胜于前朝。武宗至大元年（1308），遣集贤学士王德渊斋银币来祭告于阙里。二年（1309），制春秋二丁释奠牲用太牢，置曲阜孔庙奎文阁典籍官一员。三年冬十月，运登歌乐器于阙里孔子庙。四年闰七月，又遣国子监祭酒刘赓斋银币杂采彩来祭告孔子庙。元仁宗延佑元年（1314）敕议当袭衍圣公者以名闻，三年夏六月，罢孔思诚以孔思晦为中议大夫、袭封衍圣公，孔思诚最后则以朝列大夫的身份出任濮州（今山东鄄城北）尹。
孔思诚为孔元用之后，不属嫡裔，所以他以庶支承爵，为族人所难服，根据文献记载来看，当时孔氏族人曾数次上疏请立正嫡，终至元仁宗延佑三年（1316）重立孔思晦袭爵，孔氏大宗遂复归于正。此事在《元史·元明善本传》中也有记载，但时间和世次均有误：延佑二年「改礼部尚书，正孔氏宗法，以宣圣五十五世孙孔思晦袭封衍圣公，事上，制可之。」
孔思诚三子：孔克钦、孔克纯、孔克容。其中孔克钦袭曲阜县尹。
孔思晦，字明道，孔子第五十四代嫡孙。孔继汾在《阙里文献考·世系》中详细述及孔氏大宗世系时说：
南北二宗衍圣公皆四十六代宗愿之裔也。宗愿长子若蒙生端友、端操，端友无子，以端操幼子玠嗣，至洙六世是为南宗，自洙无嗣而南宗者绝。北宗端操生璠、瑱：璠生拯、摠、抟，摠生元措、元纮，元纮生之固，之固生浈。抟生元泰、元让；瑱生括，括生元衡。
宗愿次子若虚生端本，端本生璋，璋生抃、挺，抃生元隆，挺生元锡。
宗愿第三子若愚生端禀、端立，端禀生珵，端立生琥，琥生拂，拂生元直、元孝、元用。元孝生之厚，之厚生浣。
自浣以上若拯、元措、浈、元泰、元让、元衡、元隆、珵、元直皆无嗣，惟浣有子思晦，以次相推最为宗长。当端友之随宋南渡也，弟端操权主祀事，其后璠、拯、摠、元措、浈皆循次继立。自浈之失爵，元人在兵戈扰攘间未暇讲求所当立者，辄以元用有军功死王事，封其孙治，治又传子思诚，非立嗣法也。故大宗之统归于思晦始为得其正云。
孔思晦是第四十六代孔宗愿之后，其高祖孔拂有三子，除长子孔元直乏嗣外，次子就是孔思晦的曾祖孔元孝，三子则是孔思诚的曾祖孔元用。孔元孝生孔之厚，之厚赠亚中大夫、济宁路总管、轻车都尉、鲁郡侯。孔之厚之子孔浣，字日新，赠通议大夫，礼部尚书、轻车都尉、鲁郡侯。孔思晦就是孔浣之子。
孔思晦生于至元四年（1267）四月，自幼天资聪颖，读书能通大义，曾受业于三氏学教授张须，因家里贫穷，常亲自下地耕种，但也没有因此而耽误学习，所以深得三氏学老师的器重。在孔思晦十七岁时，其父孔浣去世。大德七年（1303）孔思晦曾游学京师，深受国子监祭酒耶律有尚的青睐，准备推荐其出仕做官，孔思晦以母亲年迈无人照料为由，谢绝了耶律有尚的好意。至大三年（1310）孔思晦因孝闻名，被三氏学教授推举茂才，被授范县儒学教谕，元仁宗延佑二年又调任宁阳县学。而当时这两地的前任学官，多以俸禄少无法养家而放弃该职务，孔思晦到任后则「教养有法」，乃至其离任时「比代皆挽留，不忍舍」。延佑三年（1316）孔氏族人合议以孔思诚本系庶支不当承爵，上书请免孔思诚而授思晦，元仁宗经过询问并亲查孔氏谱牒后，罢免孔思诚，孔思晦于是年夏六月袭封孔氏世爵衍圣公。延佑五年（1318）春正月孔思晦置孔庙雅乐，六年，制三氏学官听衍圣公遴补，并置孔庙司乐官。元泰定帝泰定三年（1326），山东廉访副使王鹏南上言，衍圣公袭爵上公，秩仅正四品，与格不称，请求提高衍圣公品秩，元帝遂于第二年加授孔思晦嘉议大夫。元文宗天历二年（1329）颁给衍圣公四品铜印。元宁宗至顺元年（1330），孔思晦上书以孔子封「王」，其父则为「公」爵，于礼不合，请对孔子父母优加褒崇。元帝懿璘质班准其所请，秋闰七月降旨加封孔子之父叔梁纥为「启圣王」，母颜氏为「启圣王太夫人」。二年（1331）秋七月，从欧阳玄建言，颁给衍圣公三品银印。三年（1332）春正月，上亓官夫人号曰「大成至圣文宣王夫人」。
金元之时，阙里圣庙多毁于兵燹，虽屡有修葺，但制度未备。有元一代，阙里孔庙修葺者共十三次，而「庙庭规制悉复」与孔氏之兴，实则孔思晦之功。元文宗天历二年（1329），因孔思晦所请，「圣庙岁久渐坏，敕济宁路出官钱五万二千余缗修葺。」至顺二年（1331），衍圣公孔思晦再次奏请因前朝故事，四隅建角楼，仿王宫制度。「诏从之」。文宗赐给山东盐课及江西、浙江两省学田岁入中统楮币三十一万四千四百缗，诏济宁路督修孔子庙，于顺帝至元二年（1336）落成，至正元年（1341）树碑以记其事。较之金代庙制，元代孔庙增建了大门，东路添建燕申堂，西路则省去了毓圣侯殿，并移五贤堂面南。庙制更趋规整。孔思晦承爵期间，还收回尼山祭田一百五十亩，修复尼山书院，收回被沛县豪民所侵占的三氏学学田三千亩，子思书院营运钱一万缗，保证了三氏学和林庙祭祀的正常运行。
元顺帝元统元年（1333）闰三月十二日，孔思晦因病去世，享年六十七岁，元帝加谥号「文肃」，葬于祖墓西北。至正中，再赠通奉大夫、河南江北等处行中书省参知政事护军，追封鲁郡公。德配张氏，封鲁郡夫人。子一，孔克坚。女四人，分别适李德明、孙大用、乔元善、马元用。
孔思晦于孔族发展及承传史上居功至伟，其非但「改庶为嫡」使大宗归正，且在祖庙建设、尼山庙祀、书院请置、礼制恢复、祭田找寻诸方面尽力营建、悉加整饬，并请得孔子父母王号之尊，又分别请得衍圣公属官司乐、管勾（1319）二职，使庙庭府第规制皆一新之。又严防伪孔之冒入，刊刻宗谱于石，以垂永久。故后世于衍圣公府东路设「报本堂」专祠，提席以祀之，百代而不迁。
第五十五代：孔克坚（1316-1370）
孔克坚，字璟夫，孔子第五十五代嫡孙，生于元仁宗延佑三年（1316）十一月十六日。元顺帝至元元年（1335）孔克坚以嫡长子身份代理林庙祭祀，至元二年修葺梁公林，建享殿、围墙，并首次在墓前建造石仪。至元六年（1340）冬十一月，授嘉议大夫，袭封衍圣公。孔克坚袭封后即上奏请修阙里孔子庙和修饰塑像，获得元顺帝的准许，并诏赐「山东历日钱之半给其费，复令监察御史思立持楮币二万五千缗勒碑以纪成绩」。至正八年（1348）元顺帝幸国子学，中书上言衍圣公爵阶不称，诏晋中奉大夫，赐二品银印，将衍圣公的官阶由宋代的从八品擢升至从二品。至正十五年（1355）冬十月，当时的平掌政事达世帖木尔推荐孔克坚明习礼仪，于是被召至京师，任命为同知太常礼仪院事，摄太常卿，而以其子孔希学袭封衍圣公。是年冬，元帝郊祀，孔克坚摄太常事，登降有威仪，观者皆赞其达礼。御史大夫雪雪建言，孔克坚有才干，元帝遂拜为中台治书侍御史，但孔克坚坚辞不就，辞官归籍。第二年，元帝又拜孔克坚为山东道肃政廉访使，孔克坚则又以身体原因而推辞。当时会当山东兵乱，孔克坚携家人避乱北上藁城，丞相太平奏请元顺帝召孔克坚父子进京，任命孔克坚为集贤直学士、其子孔希学为秘书监卿，并遣使去藁城迎接孔克坚父子。
至正十八年（1358），红巾军将领毛贵率军北进河北，逼近京畿，元帝诏征四方兵勤王拱卫京师，当时众臣廷议时大多建议放弃燕京而迁都关中。孔克坚则认为：「天子当与社稷共存亡，岂可他徙？今勤王兵颇众，与决战，盗可平也。」后来顺帝也采纳了孔克坚的建议，集中优势兵力应战，红巾军果然被打败散去，一如孔克坚所言。至正十九年（1359），孔克坚擢升为礼部尚书，知贡举事。元末乱世，当时的四方之士多避乱于燕京，孔克坚遂建议在贡举中特设流寓科，以从中擢选才学之士。是年冬，孔克坚又迁为陕西行台侍御使。二十一年（1361），李思齐与察罕帖木尔为争夺秦陇相互攻掠，元帝不能制。陕西行省丞相帖里帖木尔接受李思齐部将的投降，并命张良弼继续抵抗，孔克坚则与中丞袁涣极力反对：「二军不敢举兵犯奉元者，岂其力不足哉？以无名耳。今纳其叛将而出兵御之，是引虎使噬也。」帖里帖木尔不听，袁涣被劾而去，孔克坚遂叹曰：「谋之不臧，乱且至矣。」遂自劾而归。月余后，奉元（今陕西西安）果陷。至正二十二年（1362），孔克坚再被任命为国子监祭酒，然克坚又因世乱而「谢病归」。后来又「起集贤直学士，不就。又以山东廉访使，亦不拜。」孔克坚因世乱而辞职归里后，营建终吉别墅于曲阜城东南隐居，后来此村因衍圣公年老别墅在此也遂以「终吉」为名至今。
元顺帝至正二十八年（1368），朱元璋在应天府即皇帝位，国号大明，建元洪武，是为明太祖。
元亡，徐达于洪武元年（1368）三月攻下济宁后，明太祖下旨召见衍圣公孔克坚，孔克坚称疾不赴，仅派遣其子孔希学前往南京。明太祖敕谕「称疾则不可」，孔克坚「遂来朝」，见明太祖于谨身殿。关于明太祖和孔克坚见面的故事，详载于今曲阜衍圣公府二门之内的《对话碑》中。明太祖在接见孔克坚的当天，就对其赐宅一区，马一匹，米二十石，又赐田一顷。第二天再次召见，命其训励族人。孔克坚居南京两年，备受优礼。明太祖对孔克坚「待以宾礼而不名，赐廪禄不烦以职，郊社必至膰肉，抚劳甚至」（《阙里志》），可谓优渥有加。洪武二年（1369）十二月，明太祖出「内府香币白金」遣孔克坚回曲阜祭告孔子。三年（1370）春，孔克坚回京复命，以疾请归，太祖派遣中使每日存问，并给驿送归曲阜，赐白金一百两、文绮八端，以及其他钱物一宗。三月二十八日，行至「下邳新安驿，薨于舟中，年五十有五。」六月十三日葬于祖墓西北，距离孔子墓二百余步。
孔克坚通《左氏春秋》，工乐府、善诗词，撰有《祭酒逸稿》两卷。德配张氏，济宁路总管张子仁之女，封鲁郡太夫人。子九人：希学、希说、希范、希进、希麟、希凤、希顺、希尹、希赟。女二人。
第五十六代：孔希学（1335-1381）
孔希学，字士行，孔子第五十六代嫡孙，生于元顺帝至元元年（1335）十二月初十日。孔希学之父孔克坚早在元朝就已经辞去衍圣公的爵位，而由孔希学袭封世爵，所以明太祖洪武元年十一月仍封孔希学为衍圣公。《明史·职官志·衍圣公》记载，明太祖既以孔希学袭封衍圣公，因谓礼臣曰：「孔子万年帝王之师，待其后嗣秩止三品，弗称褒崇。其授希学秩二品，赐以银印。」有明之兴，首开礼局。明太祖曾说：「朕惟孔子德侔天地，道合四时，删述之功，万世永赖，故帝王相继，历代优崇，封号至极，享祀无穷，嫡派子孙，世有爵禄。」（《明太祖实录》）太祖即位之初，即于洪武元年春二月诏以太牢祀孔子于国子学，并遣使致祭于阙里。洪武三年六月，又诏令厘正诸神祀典，将前代相沿的岳镇海渎及前贤名臣封号一律革去，岳镇海渎均改为以其神称之，如泰山在元代被封为「天齐大生仁圣帝」，改成「东岳泰山之神」，前贤则以当时初封名爵来尊称，而只有孔子是例外，仍然沿袭了元代加封的「大成至圣文宣王」称号。当时明太祖的理由是：「惟孔子善明先王之要道，为天下师，以济后世，非有功于一方一时者可比。」这个态度清晰地反映了明太祖对于孔子的贡献和孔子祀典有着深刻的认识，所以孔子应获的尊崇自然也应高于其他神祇。明太祖朱元璋尊崇孔子，自然就会优礼孔子嫡裔。在孔希学承爵时期，正是阙里孔氏在历史上的空前宠渥隆厚之时，据孔氏志书和乾隆《曲阜县志》、《孔子世家谱》的记载，明太祖赐给孔希学祭田两千大顷，分为五屯、四厂、十八官庄，拨佃户承种以供庙祭。又从元代的旧例并新增设衍圣公属官六人，立孔颜孟三氏教授司，教授、学录、学司各一人，皆由衍圣公保举堪用。立尼山、洙泗二书院，各设山长一人。免孔氏子孙及颜孟二氏大宗子孙徭役，并起用元代的曲阜县尹孔希大仍令其出任曲阜知县。《明史·职官志》亦载：「衍圣公，孔氏世袭，正二品。袍带、诰命、朝班一品。洪武元年授孔子五十六代孙希学袭封。其属：掌书、典籍、司乐、知印、奏差、书写各一人，皆以流官充之。曲阜知县，孔氏世职，洪武元年授孔子裔孙孔希大为曲阜世袭知县。翰林院世袭五经博士，正八品，孔氏二人。」洪武六年冬十一月颁孔子庙乐章，七年颁乐器祭服于阙里，十年敕建衍圣公新宅，十四年赐阙里乐舞生冠服。自元末战乱以来，阙里孔氏祖庭「兵后廊庑圮坏，祭田荒芜」，自此在明太祖制度的保障下则逐渐「条理复故，礼器乐器，乐舞仪式，次第毕举」。
历史上孔氏宗子世爵之秩，汉关内侯爵第十九等，褒成侯、褒亭侯爵第二十等。魏宗圣侯爵第十八级。刘宋奉圣亭侯秩第五品。陈奉圣亭侯爵第八品，秩视千石。北魏崇圣大夫秩从五品；崇圣侯，秩从二品。北齐恭圣侯，秩第三品。唐初褒圣侯位同三品，食邑一百户；上元二年（717）改文宣公朝会时，位二品文官下。后周太祖广顺二年（952），赐文宣公五品服。宋元佑间，改衍圣公为奉圣公，遇郊祀大礼赴阙陪位，在寺监长官之下，别作一班。衍圣公的品秩，宋阶承奉郎，秩从八品上。《东家杂记》载宋徽宗崇宁三年十一月四日，命衍圣公每遇元会大礼陪位班在太常少卿之下。太常少卿在宋代仅是五品，所以孔氏宗子在宋代远不如唐代尊荣。金熙宗皇统二年，授衍圣公阶文林郎，秩正八品。章宗明昌二年（1191），特令视四品，实八品；后进阶中议大夫，秩从五品上。元太祖二十年（1225）给四品印，元世祖时改五品，阶奉训大夫。延佑三年（1316），仍复中议大夫，给四品印。泰定四年（1326）升为三品，赠嘉议大夫。文宗至顺三年（1332），改给三品印。顺帝至正八年（1348），晋中奉大夫，秩从二品，改给二品银印。衍圣公待遇的真正大幅提升，正是明太祖之时。太祖洪武元年初，授衍圣公孔希学资善大夫，班亚丞相，秩正二品。后来革除丞相，令衍圣公班列文臣之首。十七年（1384），又诏令礼部衍圣公孔讷「既爵公，勿事散官，给诰用织文玉轴同一品」。历史上朝廷诰命的制作十分严格，明代是由制敕局所织造，共分苍、青、黄、赤、黑五种颜色，以升降龙盘绕，形成卷轴式，并按品秩等级来分别制作。其中一品为玉轴，二品犀轴，三四品抹金轴等等。明太祖此时给衍圣公的虽然是正二品秩，但给诰却命令以一品待遇。至此，孔氏嫡裔的优礼宠渥待遇，已臻人臣之极。后来再到明仁宗洪熙元年（1425）时候，又将衍圣公的品秩由视一品升为正一品。再至万历七年（1579），又特加恩宠，「谕衍圣公以万寿入贺，朝廷待以宾礼。不在文武职官之列，不必朝参」。熹宗天启二年（1622）始，又晋衍圣公「公、孤」之衔。公孤之衔，又称三公三孤，是古代最高级别的虚衔。公孤制度作为王朝的最高荣誉虚衔，一直延续到明清。入清后又一仍明制，顺治元年即题准衍圣公封爵一如前朝，阶正一品，班列尚书上。顺治七年时，晋当时的衍圣公孔兴燮为太子少保，次年又晋为少保兼太子太保，一举将衍圣公的加衔升至最高。十三年，再定例授光禄大夫。
洪武六年（1373）八月，孔希学服丧期满，入朝谢恩，此次明太祖和孔希学的谈话见于《对话碑》。洪武七年（1374）设孔颜孟三氏教授司，孔希学奏请维修孔庙。这次孔庙大修，后因水患于洪武十年鸠工，至十一年落成，补塑圣像，重建正殿左右回廊十八间，东庑三十三间，三氏学生员房舍二十二间。孔希学又劝募族人有禄者捐金补塑圣贤像，收回被豪民侵占的祀田五十顷。
洪武十年（1377）敕建衍圣公府第，重建三氏学。孔希学奉敕于祖庙之东建造府邸，作为衍圣公的官署和住宅。在历史上，孔子嫡裔为奉祀孔子，原住在阙里故宅，称「袭封宅」。后世随着孔子地位及世爵的提高，孔氏住宅日益扩展。曹魏时期，曾于庙外「广为屋宇，以居学者」，设教讲学。宋仁宗宝元间(1038-1040)，开始扩建称衍圣公府，但至北宋末，当时的衍圣公府有房仅约数十间。到金代，孔子后裔住宅在庙东则又已有客馆、客位、斋堂等建筑。洪武十年，太祖敕建衍圣公新宅，并诏令孔希学有权设置官署。三氏学则原名孔氏庙学，始于宋真宗之时，宋哲宗元佑年间始置设教授，后来又增入颜、孟二氏子孙，后世因此而名。明洪武元年改名为三氏子孙教授司，洪武十年重修三氏学学宫，再至明宪宗成化元年时又改回三氏学的名称。
洪武十一年（1378）冬，孔希学再次入京觐见，据《阙里志·明朝诰敕》记载，十二月十七日，明太祖朱元璋竟一日之内连续发出四道敕令：一敕中书「先师孔子孙袭封衍圣公孔希学至京朝觐，尔中书下礼部，用心礼待。所有随行者皆要欢心，勿使有缺。故敕速行毋怠。」一敕礼部「赐袭封衍圣公孔希学日用如旧，余皆照例，洁所在以安之，毋怠。如敕奉行。」二敕孔希学，一询问其已令礼部为衍圣公所备如意，未知给否？一告知敕中书下礼部，赐卿日用，故兹敕谕。
明太祖对圣裔优礼之隆，由此可见一斑。
明洪武十四年（1381）秋九月二十日，孔希学病逝，时年四十七岁。太祖悲悼，亲制祭文，遣行人张济民致祭于阙里，谥号文肃。是年十一月初六日，孔希学葬于祖墓西北。自此，衍圣公及衍圣公夫人去世，朝廷遣使谕祭遂为后世制度。
孔希学自幼明敏好学，经籍子史之书无不涉猎，文词典雅，且尤善隶书，为当时士人所仰重，而得其书法者无不倍加珍视之。元配董氏，出于中州功臣世家，赠鲁郡夫人；继配孙都思氏，元进士、辽阳行省平章彦明之女。子一，孔讷。女二。
第五十七代：孔讷（1358-1400）
孔讷，字言伯，孔子第五十七代嫡孙，生于元顺帝至正十八年（1358）正月二十一日。孔讷厚重恭谨，笃志好学，乐施好善，从不以贵胄自傲，轻视他人，且善诗文、工篆法，具有很高的造诣，当时凡是得到其作品的都称赞不绝。
洪武十四年孔希学去世后，孔讷守制丁忧。在居父丧期间，又逢马皇后丧，孔讷赴京致祭大行皇后之后，明太祖召见时欲让孔讷袭封衍圣公，孔讷以在制居丧为由而婉拒。洪武十七年（1384）正月守孔讷丧期满除服，再次赴京觐见。太祖遂命礼官择日举行袭爵典礼，经礼官推算，选定二月初二吉日受封。孔讷之受封袭爵，由太祖亲自主持，百官班列，明太祖并亲颁袭封诏书。太祖命礼官以教坊乐引导护送孔讷至太学，学官率生员两千余人恭迎，一时成贤街观者如堵，莫不赞叹。次日入朝谢恩，又赐袭衣，命宴于礼部，后日释奠告庙于太学。孔讷的袭爵仪式，应是历代孔氏宗子最为尊崇的一次。此时明太祖已经革除丞相之职，命孔讷朝会班文臣之首，礼部准备按例授予其二品资善大夫阶，明太祖不同意：「既爵公，勿事散官，但诰以织文玉轴为异耳」，太祖将衍圣公官阶定为视一品，并要求礼部以后对衍圣公的诏书一律要以一品待遇的织文玉轴来书写，以示尊崇。自此，遂为后世制度。孔讷袭爵后每岁入觐，在往返途中，朝廷则颁给特殊符契，「凭符乘传」，可以行走于官道，各地优待有加。从此，衍圣公官阶视一品，也成为制度，直到明仁宗时候又正式改为正一品。
经过元末战乱，明太祖殊为重视阙里孔庙的庙貌情况，于洪武二十年春，又诏工部派遣千余名工匠再修阙里圣庙。孔讷和工部侍郎秦逵日夜督工，尽心竭力。而明太祖的尊崇孔子之意非但度越前代，也更为其后继者视为成宪亦步亦趋，在其影响下，后世明代的每一位帝王都极其推崇孔子之教，优礼圣裔。
孔讷「天性仁孝」，对祀事严肃认真，待族人恪尽礼仪。明惠帝建文二年（1400）九月十六日，衍圣公孔讷病卒，终年四十三岁，同年十月二十六日葬于祖墓西北。孔讷元配陈氏，继配商氏、王氏。子四：孔公鉴、孔公铎、孔公钧、孔公镗。女五人。
第五十八代：孔公鉴（1380-1402）
孔公鉴，字昭文，孔子第五十八代嫡孙，为孔讷元配陈氏所出，生于洪武十三年（1380）十一月十二日，于建文二年（1400）袭爵，但可惜天不假年，于建文四年（1402）四月初五日去世。此时的大明王朝却因燕王朱棣所发起的靖难之役而处在最紧张的时局中，这一年的正月燕王挥师南下，五月克泗州、进扬州，六月，燕师渡江，南京城陷。七月十七日，朱棣即皇帝位，废除建文年号，建文四年则被改称洪武三十五年，是为明太宗（嘉靖时又被上庙号为明成祖）。故孔公鉴四月五日去世，八月方遣使致祭。
据《五十八代袭封衍圣公孔公墓表》所载，孔公鉴「端厚简重，不妄言笑」，读书日进月益，事父母持之以礼，而以孝闻。但其袭爵两年就因病去世，年仅二十三岁，「远近闻者，无间识不识，咸共悼惜」。孔公鉴承爵时间虽短，但有一个重要的事情影响孔族深远，建文二年孔公鉴袭封之时，建文帝曾赐孔氏「公彦承弘，闻贞尚胤」八个字用作宗蕃代序，后因五十六代孔希学及五十七代孔讷先后袭封衍圣公，遂又把「希、言」二字加上变为十字：「希言公彦承，弘闻贞尚胤（入清后，为避清帝讳，将弘改为宏，胤改为衍）」。世传孔氏宗派字由洪武所首赐，实际上是由于当时朱棣废建文年号的原因。
距建文四年二十余年后的明宣宗宣德元年（1426），在对孔公鉴妻胡氏进行加封太夫人时，又对孔公鉴进行了追赐。孔公鉴妻胡氏，孔颜孟三氏学教授、进士胡复性之女，洪武十七年生，正统元年正月初十日卒，终年五十三岁，宣宗宣德元年封太夫人。子一，孔彦缙。
第五十九代：孔彦缙（1401-1455）
孔彦缙，字朝绅，孔子第五十九代嫡孙，生于建文三年（1401）三月十三日。孔公鉴去世时，彦缙方两岁，其名和字都是由当时还是太子的朱高炽所取。明成祖永乐八年（1410）十二月十九日，孔彦缙刚十岁，诏命其进京袭封衍圣公。当成祖见到孔彦缙时，见他言动进退从容详雅，成祖非常高兴，对左右侍臣称赞说：「真圣人裔也。」明成祖见孔彦缙年龄尚小，便「命肄业国学，久之遗归」，并礼待甚厚。孔彦缙从京师回到曲阜后，更加勤奋读书，尤其笃爱《论语》。
孔彦缙袭爵后，开始主持林庙祀事，但他知道自己年幼，故经常向亲长征求意见，然后再行定夺。后来随着年龄的增加，孔彦缙「才识益高，闻见益广，度量益宽」，人皆以为有长者之风。永乐九年（1411）孔彦缙咨文工部，请修阙里孔庙，成祖批准了请求。此次修葺于永乐十年开工，计修廊庑楼阁二百七十余楹，将阙里孔庙向南扩展，增建棂星门及德侔天地、道贯古今二坊，大门（今圣时门）三洞，石桥（今碧水桥）三座，至永乐十五年夏五月告竣，明成祖御制碑文记其成。同年，孔彦缙赴阙谢恩，明成祖赐宴于光禄馆和礼部，并赐金纱衣。维修后的阙里孔庙，咸若一新，宏邃壮观。（明永乐《重修阙里孔子庙碑》）这次修缮非但奠定了今日曲阜孔庙的规模，也是自宋天禧二年之后的第三次大规模扩建。
永乐二十年（1422），衍圣公孔彦缙初建至圣林林门并创建林墙。二十二年（1424）八月，明成祖崩，仁宗朱高炽即位，孔彦缙赴阙觐见，当明仁宗听说衍圣公来京还是居住于客舍时，遂赐宅于东安门外。明仁宗在位虽然仅仅不到一年，但对衍圣公的优礼颇为隆厚，在孔彦缙觐见后，遣内侍传旨：「衍圣公来朝，与正一品衣服一套，钞二千贯……自后永依此例。」在《明史·职官志》的记载中是「永乐二十二年，赐衍圣公宅于京师，加一品金织衣。」明宣宗宣德四年（1429），为充实孔庙奎文阁藏书，孔彦缙咨文礼部，欲派人去福建购书，宣宗知道后，命购买后送至曲阜。不久孔彦缙又上疏说明阙里孔庙雅乐及乐舞冠服的敝坏情况，宣宗即诏命有司修治。英宗正统元年（1436）孔彦缙之母胡太夫人去世，英宗遣使到曲阜谕祭，其后并成为制度，凡衍圣公的母亲和夫人去世朝廷均遣官谕祭。正统四年（1439），赐给孔彦缙孔庙佃户五百户。正统九年（1444）春三月，衍圣公孔彦缙上奏「三氏子孙初止在学读书习礼，未定生员名额。今学徒日盛，有以京闱领荐者，有以府学领荐者，有以儒士领荐者，请照郡县学例，置立生员听提学官考选，应山东布政使司乡试」，获得英宗批准。景泰元年（1450）明代宗欲视太学，命孔彦缙赴京。「彦缙率三氏子孙观礼，赐坐彝伦堂听讲。幸学必先期召衍圣公自此始」，并赐孔彦缙冠带锦衣。景泰三年（1452）孔彦缙再入朝，改赐三台银印、玉带、织金麒麟衣，文视一品。自此，衍圣公「朝服、公服、常服皆同于一品，冠八梁冠，带佩与绶俱用玉，笏用象牙」成为有明一代制度。《明史·舆服志》也记载说：「历朝赐服，文臣有未至一品而赐玉带者，……衍圣公服织金麒麟袍、玉带，则景泰中入朝拜赐，自是以为常。」
孔彦缙在位期间还对孔氏族人做出了一件重要之事，就是在宣德五年（1430）立《孔氏报本酬恩记碑》，以防伪孔之冒入，警示于后。
孔彦缙历大明成祖、仁宗、宣宗、英宗、代宗五朝，于景泰六年（1455）冬十月二十一日去世，承爵四十六年，终年五十五岁。代宗命礼部治丧，工部治坟，厚赙抚恤，葬于祖墓西北。敕令墓前树神道石坊门一座，圣旨碑一幢，望柱二、石羊二、石虎二、石马二、翁仲二、石鼎香炉一、祭案一、雕龙额墓碑一、石雕镌花屏墓挡板等一组石仪，这是有明一代第一位正一品阶衍圣公葬仪，嗣后，明清两代遂为制度。
孔彦缙元配夏氏，江都人，江西布政使司参政夏济的长女，建文元年五月十一日生，宣德九年八月三十日卒，年三十六。洪熙元年正月十三日敕封夫人；继室江氏，景泰六年十二月二十六日敕封夫人。子四人：孔承庆、孔承吉、孔承泽、孔承源。女三人，长女适山东都指挥使吴勋长子吴越，次女适兖州护卫指挥使鲍玓长子鲍克恭。
由于孔彦缙长子孔承庆早卒，孔氏世爵衍圣公遂由孔承庆之长子弘绪承袭。
第六十代：孔承庆（1420-1450）
孔承庆，字永祚。孔子第六十代嫡孙，生于永乐十八年（1420）三月初七日。孔承庆自幼端庄，敏于学问，曾从三氏学教授江湜、裴侃和学录孔克晏受业，经史子集无不涉猎，尤精于孔氏家学《尚书》，并好诗词，着有《礼庭吟稿》结集传世。
孔承庆未袭爵，先于其父而卒，于景泰元年（1450）十一月二十六日病殁，行年三十一岁。景泰六年（1455）因其子弘绪袭封衍圣公，代宗追赠孔承庆为衍圣公。
孔承庆德配王氏，宁阳人，顺天府尹王贤之女，永乐十七年二月二十日生，成化十七年正月初七日卒，享年六十三岁，景泰六年赠太夫人。子二，孔弘绪、孔弘泰。
